Одним из основных направлений работы в области охраны окружающей среды для группы компаний «Совкомфлот» является сокращение количества сточных вод и отходов, которые попадают в Мировой океан в результате эксплуатации флота. Эта работа проводится согласно внутренним процедурам группы, отражающим требования как международных, так и национальных законодательств.

В настоящее время на судах группы компаний применяется комбинированный метод очистки сточных вод: используются механический, химический, физико-химический (включая электролиз) и биологический методы. Все установки судов имеют одобрения классификационных обществ, которые подтверждают соответствие установок обработки сточных вод требованиям приложения IV Конвенции МАРПОЛ 73/78. Качество сбрасываемой воды подтверждается сертификатом установки сточных вод (Type Approval Certificate).

Обращение с судовым мусором, образующимся на борту судов в процессе производственной деятельности, также организовано в строгом соответствии с требованиями приложения V Конвенции МАРПОЛ 73/78, регламентирующего предотвращение загрязнения моря мусором с судов.